Inspecteur général de l’administration de l’éducation nationale et de la recherche jusqu’en décembre 2015, il a effectué l’essentiel de sa carrière dans l’administration universitaire française  

Après une formation initiale à l'Institut d'études politiques (IEP) de Lyon complétée par plusieurs diplômes universitaires en droit, histoire et sociologie, Jean-Pascal Bonhotal a effectué l'essentiel de sa carrière dans l'administration universitaire française.


Attaché, puis conseiller d'administration scolaire et universitaire à l’Université Paris 13 puis Paris 10 de 1984 à 1992, Jean-Pascal Bonhotal est reçu au concours interne de l'Ecole nationale d'administration (ENA). Il devient en 1995 administrateur civil au ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche, en charge des statuts des personnels.


De 1997 à 2006, il exerce les fonctions de Secrétaire général à l'Ecole normale supérieure (Paris) puis à l'Université Claude Bernard Lyon 1. Au cours de cette période, il participe à plusieurs réseaux professionnels des administrateurs d'université.

En 2006, Jean-Pascal Bonhotal rejoint l’administration centrale au poste de sous-directeur des affaires juridiques de l'enseignement supérieur et de la recherche. Il est associé à la préparation et mise en œuvre des lois sur la recherche et sur les libertés et responsabilités des universités. Il devient adjoint au directeur général des ressources humaines du ministère et chef du service des personnels de l'enseignement supérieur et de la recherche en 2008.


Nommé en mars 2013 inspecteur général de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche, il a participé jusqu'en décembre 2015 à de nombreuses missions d'audit des universités et d'évaluation du système français d'enseignement supérieur et de recherche.


Jean-Pascal Bonhotal sera chargé de l'organisation administrative de l'Agence, notamment la coordination des fonctions supports. En collaboration étroite avec les vice-recteurs, il assurera le lien entre les services administratifs et ceux chargés de la mise en œuvre de la politique scientifique et universitaire.

Il veillera notamment à poursuivre la modernisation de l’Agence tant dans les services centraux de Paris et Montréal que dans les dix bureaux répartis sur les cinq continents.