La mairie de Yaoundé 6 est créée en 1993 suite au décret présidentiel n°93/312 du 25 novembre 1993, modifiant le décret n°87-1365 du 24 septembre 1987, portant création de la communauté urbaine de Yaoundé. L'histoire de cette mairie est entourée d'événements mystérieux qui ont toujours fait couler beaucoup d'encre et de salive. On parle par exemple du décès de certains maires avant le terme de leurs mandats. Il y a également de nombreuses guéguerres et de malversations financières.

Le premier maire de la mairie de l'arrondissement de Yaoundé 6 est Barthélémy Effa. En 2002, il est remplacé par Robert Atangana qui règne jusqu'en 2006.
Son siège était d'abord situé au niveau du Rond-point Express. En 2006, le maire de cette époque, Robert Atangana est limogé par sa tutelle pour malversations financières et absentéisme. Il est succédé par Jean Claude Adjessa Melingui. Ce dernier voulait déplacer le siège à Acacia où l'actuel hôtel de ville de Yaoundé 6 a été ravagé par les flammes ce petit matin. Adjessa Melingui y avait déjà réalisé 10% des travaux de construction du siège mais, les populations s'y sont opposées avec l'aide du ministre Bidoung Kpwatt. La mairie quitte le Rond-point Express et s'installe au niveau de Niki Biyem-Assi. Le 07 septembre 2013, à quelques jours de l'élection municipale, Adjessa Melingui rend l'âme dans des conditions encore floues. Paul-Martin Lolo le remplace la même année et devient le nouveau maire de Yaoundé 6.

En 2014, un incendie ravage le nouveau siège de la mairie situé à côté de Niki Biyem-Assi. Cette année là, il y avait un climat de suspicions de détournements. Certains pensaient alors que l’incendie qui y avait eu lieu était d’origine criminelle. La mairie déménage pour le quartier Etoug-Ebe, non loin du Lycée.

Pendant que la mairie siège à Etoug-Ebe, Paul Martin Lolo décède à mi-mandat des suites de maladie le mardi 10 janvier 2017. Une tension pour sa succession naît, opposant son ex chauffeur Yoki Onana à son premier adjoint Madame Esther Effa. Cette dernière assure l'intérim jusqu'à ce que une élection interne porte Yoki Onana à la tête de cette mairie. C'est une élection qui s'est déroulée à travers une véritable bataille entre barron du Rdpc. L'ancien délégué du gouvernement, Tsimi Evouna voulait à tout prix imposer Madame Esther Effa, épouse de l'ancien délégué du gouvernement Fouda Effa. Yoki Onana, bien que apprécié par l'ensemble des conseillers municipaux a également ses tentacules à la présidence de la République.

Yoki Onana en tant que nouveau maire d'achever la construction du siège de la mairie à Acacia. Le même conflit d'antan resurgit. Les populations s'opposent de nouveau car le site abrite une aire de jeu servant ont jeunes du quartier de jouer au football. Yoki Onana parvient à les convaincre en leur offrant un site au niveau de CCA Biyem-Assi d'où les parties fument le calumet de la paix. Le 23 janvier 2020, Yoki Onana inaugure le nouvel hôtel de ville flambant neuf de Yaoundé 6 qu'il vient de faire sortir du sol.

Malheureusement, au bout de 3 ans seulement, cette mairie qui a pourtant abrité hier une messe d'action de grâce en la mémoire du feu maire Adjessa Melingui qui avait déjà réalisé 10% des travaux est réduite en cendres très tôt ce matin. Un véritable coup dur pour Yoki Onana.