Le président Biya fait partie des leaders qui n’oublieront pas l’ancien secrétaire général de l’Onu, dont l’implication dans la résolution pacifique du conflit de Bakassi a permis d’éviter une guerre entre le Nigeria et le Cameroun.

Paul Biya s’en est souvenu lors de l’hommage au diplomate ghanéen, « la disparition de Kofi Annan plonge l’Afrique dans la tristesse. Je garde de lui, le souvenir d'un homme de paix, qui aura apporté sa contribution précieuse, à la volonté commune du Nigeria et du Cameroun, de régler pacifiquement leur différend frontalier », écrit le président camerounais.

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La reconnaissance de la souveraineté du Cameroun sur la presqu’ile de Bakassi par un arrêt de la Cour international de Justice (CIJ) du 10 octobre 2002, au bout de plusieurs plaidoiries a toujours été perçue du côté de Yaoundé comme une grande victoire diplomatique du président Biya.

C’est sous l’égide de Kofi Annan Secrétaire général des Nations Unies, en septembre 2002 à Paris, que les Présidents Obasanjo du Nigéria et Biya du Cameroun, s’engagent à respecter la décision de la Cour Internationale de Justice.

Bien que débouté en 2002, c’est en 2006 que le Nigeria accepte la rétrocession de la presqu’il camerounaise.
Le 14 Août 2008, le Nigéria rétrocède totalement la presqu'île de Bakassi au Cameroun, après un conflit frontalier de plus de 15 ans.